Сразу же после торжественного старта эстафеты ее маршрут был неожиданно изменен. Первая участница, которой был торжественно вручен факел, пройдя несколько десятков метров, свернула в помещение склада, выходящего на реку.
Телеканал CNN сообщал, что в складе факел должен быть вручен следующей группе участников эстафеты, которая переправила его на противоположенный берег реки на катере. Однако выяснилось, что из склада факел был вывезен на автомашине и перемещен на один из участков маршрута эстафеты.
В общей сложности, факел с Олимпийским огнем был скрыт от публики в течение часа. Изменение маршрута вызвало недовольство людей, планировавших наблюдать за первыми этапами эстафеты, которым так и не удалось увидеть факел.
Вдоль маршрута эстафеты Олимпийского огня в Сан-Франциско выставлены усиленные кордоны полиции. По данным CNN, полиция задержала несколько человек, которые планировали помешать проведению мероприятия в знак протеста против политики Китая в отношении Тибета. Из-за возможных акций протеста маршрут эстафеты, сообщили представители полиции, решено сократить. Правоохранительные органы получили информацию, что на одном из этапов маршрута борцы за свободу Тибета планируют перегородить улицу, по которой понесут огонь.