Высшую награду Мери получил в числе первых в СССР за участие в боях на Псковщине в июле 1941 года. Мери был тяжело ранен, но продолжал руководить оборонявшимися советскими солдатами. Президент России Дмитрий Медведев выразил соболезнования супруге Арнольда Мери и своим указом наградил его посмертно орденом Почета. В телеграмме российского президента подчеркивается, что Арнольд Мери "до последних дней оставался несгибаемым борцом с нацизмом, активно противостоял попыткам переписать историю, обелить виновников самой страшной трагедии XX века и их пособников". Об этом пишет "Российская газета".
В последние месяцы жизни Арнольд Мери сражался с тяжелым недугом - раком легких, тем не менее он приходил на заседания суда, который начался в мае 2008 года на эстонском острове Хийумаа, его обвиняли в геноциде, который якобы выражался в соучастии в депортациях в марте 1949 года 251 жителя острова Хийумаа в Сибирь. Руководство полиции безопасности Эстонии до сих пор считают, что Арнольд Мери "должен быть наказан судом даже после смерти".