В заповедник, помимо уголков первозданной природы, включены уникальные объекты. Например, единственное на крайнем Северо-Востоке ре-ликтовое сообщество сибирской ели с каменно-берёзовыми лесами в бассей-не р. Ямы; самое северное в Охотском море репродуктивное лежбище сиву-чей на о. Матыкиль; крупнейшие в северной части Тихого океана многомил-лионные колонии морских птиц на Ямских островах. В 2001-2002 гг. рабочей группой фонда "Охраны природного наследия" Гринпис России проводились работы по включению заповедника "Магаданский" в Список всемирного природного и культурного наследия "ЮНЕСКО". В настоящее время эта природная территория, претендующая на получение статуса объекта всемирного наследия, проходит тщательную экспертную оценку.