Отчет своей истории она ведет с момента учреждения должности таможенного надзирателя таможенного поста в бухте Находка в 1909 году.

Создание таможенной службы на дальневосточных рубежах России в начале 20 века диктовалось логикой развития некогда дикого необжитого края. 2 мая 1909 года (по старому стилю) был утвержден, одобренный Государственным Советом и Государственной Думой, закон об организации таможенного надзора в Приамурском генерал-губернаторстве, в Забайкальской и Якутской областях, Иркутской губернии Иркутского генерал-губернаторства.

В состав Приамурского округа вошли шесть таможен, 17 застав и 48 таможенных постов. В том числе 1 июня 1909 года была учреждена должность таможенного надзирателя таможенного поста в бухте Находка в количестве одного лица.

В 1915 году в бухте Находка уже располагалась таможенная застава, которая осуществляла таможенный контроль за так называемыми «рыбалками». В 1922 году в бухте Находка действует таможенный пост в составе семи единиц, а 1 июля 1924 года таможенный пост был реорганизован в Находкинскую таможню третьего разряда.

В годы Великой Отечественной войны на дальневосточные таможни были возложены задачи по пропуску грузов, поступающих по ленд-лизу и по линии Красного креста. Находка в то время играла роль «морских ворот», через которые на пароходах осуществлялась доставка продовольственной помощи союзников.

26 мая 1951 года приказом Министерства внешней торговли СССР была учреждена Находкинская таможня второго класса со штатной численностью 19 единиц. До недавнего времени именно эта дата считалась Днем образования Находкинской таможни. Однако в марте 2006 года Управлением кадров Федеральной таможенной службы совместно с Центральным музеем таможенной службы был пересмотрен вопрос о дате образования Находкинской таможни. Архивные и библиографические данные подтверждают, что таможня является правопреемницей таможенного поста, образованного в бухте Находка 1 июня 1909 года. В связи с этим именно эта дата теперь считается Днем образования Находкинской таможни, по сути, одного из старейших таможенных органов России.

В 2000 году Находкинской таможне была присвоена первая категория. На сегодняшний день в ее состав входят пять таможенных постов: Морской порт Находка, Морской порт Восточный, Нефтепорт, Морской порт Пластун, Ольгинский. Зона  деятельности охватывает районы Приморского края: Кавалеровский, Лазовский, Ольгинский, Партизанский, Тернейский, Шкотовский, а также города Дальнегорск, Находка, Партизанск, Фокино, Большой Камень.