С 21 апреля 1992 года название было заменено на Военные суды, которые действуют как федеральные суды общей юрисдикции.

Новый Федеральный конституционный закон «О военных судах РФ», который публикует «Российская газета», вносит ряд существенных изменений в одноименный документ 1999 года.  Статья 7 закона дополнена частью 21 следующего содержания: Если дела о преступлениях, совершенных группой лиц, группой лиц по предварительному сговору, организованной группой или преступным сообществом, подсудны военному суду в отношении хотя бы одного из соучастников, а выделение уголовного дела в отношении остальных лиц невозможно, указанные дела в отношении всех лиц рассматриваются соответствующим военным судом.

Новый закон устанавливает, что производство в судах апелляционной инстанции по гражданским делам применяется с 1 января 2012 года, а по уголовным делам — с 1 января 2013 года.