На начальной стадии заполнения водохранилища ученые будут отслеживать его фактическое воздействие на опытных участках, сверять его с фоновыми показателями, что даст возможность оперативно корректировать характер природопользования в районе гидроузла и существенно снизить экологические издержки при заполнении Бурейского водохранилища. Поскольку основное воздействие Бурейского гидроузла будет распространяться на территорию Амурской области, в программе социально-экологического мониторинга будут заняты все природоохранные организации региона, имеющие соответствующий опыт, в том числе Зейский, Хинганский и Норский заповедники.