По словам аудитора Счетной палаты Ивана ДАХОВА, из выделенных иностранным пользователям квот на вылов водных биологических ресурсов не было реализовано 34,7 тысяч тонн (32,5 процента) в результате чего в федеральный бюджет не поступило около 62 миллионов рублей. Было также отмечено, что своевременность перечисления аукционных платежей в доход федерального бюджета слабо контролируется, порядок проведения аукционов не совершенствуется. Напомним, что по состоянию на 1 января 2003 года из общего объема средств в размере 3,03 миллиардов рублей, поступивших отраслевым НИИ Госкомрыболовства России, неэффективное использование составило 763,8 миллионов рублей или 25,2 процента. Средства от реализации квот, выделенных для проведения научно-исследовательских работ, поступали на счета в коммерческих банках и зачастую отвлекались от производственных нужд, в то время как на ремонт и модернизацию рыбопромыслового флота было использовано всего 77,3 миллионов рублей (2,6 процента), на приобретение научного оборудования – 50,8 миллионов рублей (1,7 процента). Правительством России квоты на вылов ВБР в виде ресурсного обеспечения научно-исследовательских и контрольного лова на 2003 год не выделялись. На заседании Коллегии отмечались также факты длительных задержек рыбопромысловыми предприятиями Японии поставок оборудования организациям Госкомрыболовства России в счет выделенных в 1997–2002 годах квот на вылов ВБР в исключительной экономической зоне Российской Федерации. Проверкой выявлена недопоставка оборудования на 20,4 миллионов долларов США или 76,7 процента от предусмотренного межправительственными соглашениями. Кроме того, в нарушение Бюджетного кодекса Российской Федерации средства, поступающие на счета организаций Госкомрыболовства России, в том числе за поставки указанного оборудования, не учитывалась в доходах федерального бюджета.