Особую роль выполняла таможня в годы Великой отечественной войны, когда в ней сосредоточилась треть всей таможенной службы страны. Она приняла на свои плечи весь объем грузов и товаров, шедших ранее через западные регионы. За это время на Дальний Восток был переброшен почти весь уцелевший и немобилизованный торговый флот. В годы Великой Отечественной войны через Владивостокскую таможню прошла почти половина всех грузов военной помощи по ленд-лизу - 7,9 млн. тонн, она же обеспечивала и обработку стратегических грузов, прежде всего цветных и редкоземельных металлов, сырья, следующих через Тихий океан.

В далеком 1901 году таможенный надзор во Владивостоке осуществляли всего 2 штатных чиновника и 7 прикомандированных. Сегодня Владивостокская таможня – крупнейшая в Дальневосточном регионе, в ее составе 6 таможенных постов. В ней работает около более 600 чел., из которых свыше 50,8% работают в таможенных органах более 10-ти лет, а 65,5% имеют возраст от 25 до 40 лет. 95,8% должностных лиц имеют высшее и неполное высшее образование. Свой день рождения коллектив таможни встречает достойными результатами.