Развитие филиала планируется в трех направлениях. Для полетов по среднепротяженным маршрутам Магадан - Хабаровск, Магадан - Владивосток, Магадан - Иркутск и Магадан - Новосибирск в аэропорту Магадан будут базироваться два судна класса 154-М.

После окончания реконструкции взлетно-посадочной полосы начнется регулярное осуществление дальнемагистральных полетов на самолетах модификации ИЛ-96. В течение полутора лет на базе магаданского филиала Российских авиалиний планируется организовать новую систему местного воздушного сообщения.