Вокзал был построен в 1937 году вдали от центральной части Хабаровска и служил крупнейшим перевалочным пунктом для воинских эшелонов, перевозивших солдат на фронты Великой Отечественной войны в Европу и на войну с империалистической Японией. Через вокзал станции Хабаровск-2 шли воинские эшелоны в район озера Хасан.

Отсюда отправлялись на фронт паровозные колонны дальневосточных железнодорожников, здесь проходили составы с пленными японскими военнослужащими после завершения Второй мировой войны.

В мирное время вокзал использовался для пассажирских перевозок. За год с вокзала Хабаровск-2 отправлялось до 70 тыс. пассажиров.

В открытии вокзала, которое состоится 3 августа 2007 года в 13 ч, примет участие начальник дальневосточной железной дороги Михаил Заиченко.